(1)能夠按照人們的意愿精確修飾/改造基因組;

　　(2)實現(xiàn)基因敲入(knock-in)和條件性基因敲除(conditional gene knock-out);

　　(3)精確制備模擬人類遺傳病的動物模型：很多人類的遺傳病是致病基因的錯義突(missense)造成的，用同源重組的方法可以在斑馬魚中造成相對應(yīng)的基因突變形式，從而 在基因水平精確模擬人類疾病。

　　此外，跟短片段單鏈寡聚核苷酸造成的重組修復(fù)(Steven Ekker的方法，只能進行小范圍修飾)相比，用傳統(tǒng)的長雙鏈DNA做同源重組打靶載體至少有以下優(yōu)點：

　　(1) 能夠進行大片段的基因修飾，比如將報告基因(如GFP)整合到內(nèi)源基因中，或模擬基因較大片段缺失引發(fā)的人類遺傳病(這種病也有很多)等等;

　　(2)容易檢測隨機插入(利用接頭介導(dǎo)的PCR或Southern雜交技術(shù))，這對于條件性基因敲除尤其重要。因為loxP或FRT這樣的短序列插入非特異的位點，有可能引發(fā)意想不到的后果，使實驗結(jié)果難以解釋;

　　(3)由于可以進行大片段修飾，使人們有可能一次性插入兩個loxP位點，完成條件性基因敲除;短片段單鏈寡聚核苷酸的方法要分成兩步進行，需要兩次篩選，加上養(yǎng)殖時間，會耗費更多的精力、時間和空間。